I virus cambiano costantemente attraverso mutazioni, rendendo l'emergere di nuove varianti un evento previsto e non di per sé motivo di preoccupazione: SARS-CoV-2 non fa eccezione.
ECDC pubblica il report sulle nuove varianti di SARS-CoV-2 che creano preoccupazione
L'European Centre for Disease prevention and Control presenta le ultime informazioni disponibili (29 dicembre 2020) sulla recente comparsa di due varianti, potenzialmente preoccupanti, del virus SARS-CoV-2:
- la VOC 202012/01 (Variant of concern) scoperta nel Regno Unito e
- un'altra variante 501.V2 identificata in Sud Africa.
Il report
Risk Assessment: Risk related to spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA valuta anche il rischio che queste varianti vengano introdotte e diffuse in Europa, nonché il maggiore impatto che ciò comporterebbe sui sistemi sanitari nelle prossime settimane.
Variante 501.V2 identificata in Sud Africa
Oltre a VOC 202012/01, di cui ci siamo già precedentemente occupati a fondo (vedi sotto), il Sudafrica ha segnalato un'altra variante di SARS-CoV-2, designata come
501.V2, anch'essa potenzialmente preoccupante. Questa variante è stata osservata per la prima volta in ottobre e da allora più di 300 casi con la variante 501.V2 sono stati confermati tramite
sequenziamento dell'intero genoma in Sud Africa, dove ora è la forma dominante del virus.
Come anche in VOC 202012/01, la
variante sudafricana presenta più cambiamenti nella proteina spike, inclusa la modifica degli amminoacidi N501Y. I risultati preliminari indicano che questa variante potrebbe avere una maggiore trasmissibilità. Come per VOC 202012/01, attualmente non sono disponibili informazioni sufficienti per determinare se il 501.V2 possa essere associato a cambiamenti nella risposta anticorpale o nell'efficacia del vaccino, se sia associata a una maggiore gravità dell'infezione. La caratterizzazione antigenica di questa nuova variante è in corso e i risultati sono attesi nelle prossime settimane.
Variante inglese del virus: da variant under investigation a variant of concern (VOC) 202012/01
Precedentemente identificata come VUI 202012/01 ovvero Variant under investigation, anno 2020, mese 12, variante 01, la variante britannica del virus SARS-CoV-2 viene adesso definita
VOC 201212/01 ovvero Variant of concern.
L’ECDC aveva precedentemente pubblicato (20 dicembre 2020) un breve report
Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom nel quale venivano illustrate le principali informazioni riguardanti la variante SARS-CoV-2 denominata
SARS-CoV-2 VUI 202012/01.
La variante SARS-CoV-2 VUI 202012/01, era stata identificata nel Regno Unito (UK) tramite
sequenziamento del genoma virale ed era definita dalla presenza di
mutazioni multiple (delezione 69-70, delezione 144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H) che si ripercuotono sulle caratteristiche della proteina spike.
Il
Regno Unito aveva dovuto affrontare un
rapido aumento dei casi di COVID-19. L’aumento era stato particolarmente evidente nel sud-est dell'Inghilterra, con un aumento del tasso di notifica dei casi (nei 14 giorni) da circa 150 casi per 100.000 abitanti nella settimana 49/2020 a oltre 300 per 100.000 nella settimana 51/2020. L’incremento osservato aveva reso necessaria l’attivazione di un’indagine epidemiologica e della sequenza genomica virale che hanno identificato che un'ampia percentuale (> 50%) dei casi apparteneva a un nuovo singolo cluster filogenetico (SARS-CoV-2 VUI 202012/01).
Casi di VOC 202012/01 confermati mediante sequenziamento, distribuzione dei casi nel Regno Unito (25 dicembre 2020)
Le indagini epidemiologiche sulle proprietà di questa nuova variante sono attualmente in corso e non sono stati riportati esiti clinici peggiori, mortalità più elevata o gruppi particolarmente colpiti. I casi con la
variante VUI 202012/01 sono stati identificati prevalentemente nelle persone di età inferiore ai 60 anni, tuttavia dobbiamo precisare che in UK l'aumento dei casi complessivi di COVID-19 è presente in questa fascia di età.
I risultati dei modelli preliminari suggeriscono che la
variante è significativamente più trasmissibile rispetto alle varianti circolanti, con un aumento stimato del numero riproduttivo (R) di 0,4 (o superiore) e un aumento della trasmissibilità stimata fino al 70%.
Alla data del 13 dicembre 2020, in
UK, erano stati identificati
1.108 individui aventi questa
variante del virus, con il primo caso identificato dal 20 settembre 2020; mentre, in
Galles, al 14 dicembre 2020, erano stati identificati
20 individui. Inoltre, la
Danimarca ha segnalato nove casi, i
Paesi Bassi hanno segnalato un caso e un altro caso è stato segnalato in
Australia.
L'analisi filogenetica di questa nuova variante del virus SARS-CoV-2, rivela che ci sono
pochissime forme intermedie tra questa variante e altri virus circolanti segnalati, e il nuovo cluster individuato differisce per
29 sostituzioni nucleotidiche dal ceppo originale individuato a Wuhan (che rappresentano un numero superiore rispetto a quanto previsto: circa 2 sostituzioni nucleotidiche per genoma al mese). Inoltre, la frazione di mutazioni non-sinonime nella proteina spike, è molto più alta di quanto previsto per le mutazioni casuali.
Il
numero insolitamente elevato di mutazioni della proteina spike, e altre proprietà genomiche della variante, suggeriscono che la variante non sia emersa a seguito di un accumulo graduale di mutazioni avvenute in UK (o in paesi dove la copertura di sequenziamento è più bassa) né che sia derivata dalla possibile pressione selettiva derivante dai programmi di vaccinazione (in questo caso non corrispondono i tempi). Secondo gli esperti una possibile spiegazione per l'insorgenza della variante può essere dovuta alla
presenza prolungata dell’infezione da SARS-CoV-2 in un
singolo paziente, potenzialmente con
immunocompetenza ridotta, con conseguente accumulo di un’elevata percentuale di varianti, oppure, in alternativa, che i processi di adattamento del virus si siano verificati in una diversa specie animale “suscettibile” e successivamente ritrasmessa agli esseri umani dagli animali ospiti. Tuttavia, rispetto a questa seconda ipotesi, il Regno Unito ha riferito che non esiste un chiaro legame epidemiologico con gli animali per la variante VUI 202012/01.
Per quanto riguarda il potenziale
impatto sulla diagnostica, l’UK segnala che la
delezione di due aminoacidi nei siti 69-70 della spike, causa un
risultato negativo dei test RT-PCR basati sull’
amplificazione del gene S, utilizzati in alcuni laboratori dell’UK. Di conseguenza, data la maggior probabilità che si verifichino mutazioni su questo gene (S), gli esperti suggeriscono di non basare la rilevazione primaria dell'infezione da SARS-CoV-2 mediante RT-PCR sull’amplificazione di questo gene.
Le mutazioni osservate nella nuova variante potrebbero
alterare le proprietà antigeniche del virus con conseguente riduzione della neutralizzazione da parte dei sieri convalescenti e degli anticorpi monoclonali. Ad oggi non sono disponibili informazioni sull'eventuale aumento della frequenza di reinfezioni associate alla variante VUI 202012/01.
Un altro tema affrontato riguarda il possibile
impatto della nuova variante sull'efficacia del vaccino. Il rapporto esplicita in modo chiaro che attualmente
non vi sono dati in grado rispondere a questa domanda, ma sono attesi nelle prossime settimane i risultati della caratterizzazione antigenica della nuova variante. Tuttavia, dato che la maggior parte dei
nuovi vaccini candidati si basano sulla
sequenza della proteina spike, risulta essenziale
monitorare i cambiamenti nella proteina spike tra i
ceppi di SARS-CoV-2 circolanti e valutare i possibili
cambiamenti antigenici. Inoltre, sarà importante effettuare la sorveglianza dell'efficacia sul campo dei vaccini COVID-19 includendo, se possibile, stime specifiche sulle varianti del virus SARS-CoV-2.
Varianti inglese e sudafricana: le indicazioni del Ministero della Salute
Una
nuova circolare del Ministero della Salute dell'8 gennaio riporta le indicazioni operative relative al rischio di diffusione di nuove varianti Sars-CoV- 2 inglese e sudafricana in Unione europea, con le misure di sorveglianza attiva per i viaggiatori e di laboratorio.
A cura di Caterina Silvestri e Cristina Stasi - ARS Toscana
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