La
UK Health Security Agency ha comunicato di aver identificato una
nuova variante, denominata
XE. Si tratta di una
mutazione “ricombinante” di Omicron, dei ceppi
BA.1 e
BA.2.
Il
rapporto di UK Health Security Agency, come i precedenti, è stato pubblicato per condividere le dettagliate
analisi di sorveglianza delle varianti SARS-Cov-2, per contribuire alla determinazione di
nuove varianti e alla
valutazione del rischio. Il briefing tecnico contiene i primi dati di analisi sulla variante: i risultati che emergono hanno perciò ancora un alto livello di incertezza.
L'aggiornamento copre i dati di sorveglianza e il sequenziamento di
tutte le varianti d’interesse (VOCs) e
varianti sotto indagine (VUIs) al 21 marzo 2022 per consentire il tempo per l’analisi.
Le varianti “ricombinanti”
Sono stati identificati
tre lignaggi ricombinanti:
- XD e XF sono una combinazione di Delta e BA.1
- XD ha un gene Omicron S incorporato in un genoma Delta, è presente in diversi paesi europei, ma non è stato rilevato nel Regno Unito
- XF ha causato un piccolo cluster nel Regno Unito, ma non è stato rilevato dal 15 febbraio.
- XE è una variante ricombinante di BA.1/BA.2, con la maggior parte del genoma che include il gene S appartenente a BA.2. XE mostra evidenze di trasmissione nella comunità in Inghilterra, sebbene sia attualmente <1% del totale dei casi sequenziati.
I
primi tassi di crescita per XE non erano significativamente diversi da BA.2, ma utilizzando
i dati più recenti (fino al 16 marzo 2022),
XE ha un tasso di crescita superiore a BA.2 del 9,8%.
Poiché questa stima non è rimasta coerente con l'aggiunta di nuovi dati, essa non può ancora essere interpretata come una stima del vantaggio di crescita per XE. I
numeri erano troppo piccoli per poter analizzare il ricombinante XE per regione.
Epidemiologia della nuova variante XE
Il lignaggio ricombinante
XE contiene mutazioni BA.1 per NSP1-6 e poi
mutazioni BA.2 per il resto del genoma. Al 22 marzo 2022, ci sono 763 sequenze XE nei dati del Regno Unito.
Sempre al 22 marzo, ci sono
637 casi di XE in Inghilterra. Questi sono distribuiti geograficamente in tutta l'Inghilterra e in numero crescente, con il primo caso rilevato tramite sequenziamento il 19 gennaio 2022 e la maggior parte dei casi nell'Inghilterra orientale, a Londra e nel sud-est (vedi figura).
Tasso di crescita della variante XE
Il
tasso di crescita di una nuova variante viene calcolato rispetto a un controllo abbinato.
I
controlli abbinati sono
campioni di altre varianti circolanti selezionate dalla stessa ora e luogo. Per
XE, i
genomi identificati come XE vengono
confrontati solo con quelli
co-circolanti di BA.2. Si esegue un modello statistico per calcolare la probabilità che un genoma campionato provenga dalla nuova variante rispetto al controllo, nel tempo. I tassi di crescita sono calcolati su base settimanale o giornaliera e sono espressi su scala logaritmica.
Un
tasso di crescita logistica di 0,5 a settimana indica che la variante aumenta di un fattore moltiplicativo di exp (0,5) = 1,65 a settimana rispetto al controllo. Un tasso di crescita logistica pari a zero indicherebbe nessuna differenza nei tassi di crescita tra le 2 varianti.
L'uso del controllo regola la variazione geografica e temporale nel numero dei casi, ma nonostante questi aggiustamenti, le
differenze nei tassi di crescita possono essere dovute a fattori epidemiologici, soprattutto all'inizio.
Nel tempo, il tasso di crescita di una variante convergerà verso una
stima della trasmissibilità intrinseca della variante rispetto ad altre varianti circolanti.
Il tasso di crescita è stimato dalla regressione logistica del numero di genomi campionati con i lignaggi XE e BA.2 al momento della raccolta del campione. Sono inclusi solo i campioni di test Pillar 2 (test di comunità) e i dati campionati tra il 15 gennaio 2021 e il 15 marzo 2022. La frequenza relativa dei genomi del lignaggio BA.2 è mostrata in figura. Il
tasso di crescita mediano è +9,8% a settimana.
Per saperne di più:
Per approfondire:
Figura 11 del rapporto di UK Health Security Agency: Epicurva dei casi di XE ricombinante in Inghilterra, per regione di residenza – dati al 22 marzo 2022.
